Ο γιος του αναπληρωτή υπουργού Έρευνας, όπως αποκάλυψε η εφημερίδα τα Νέα, έλαβε το 2017 υποτροφία ύψους 27.000 ευρώ, ως υποψήφιος διδάκτορας για το Γεωπονικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, από το Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΛΙΔΕΚ). Ενα ίδρυμα που σχεδίασε και δημιούργησε ο κ. Φωτάκης.
Σε απάντησή του στην εφημερίδα, που έθεσε το ερώτημα κατά πόσον είναι ηθικό να δοθεί υποτροφία στον υιό Φωτάκη, όταν ο πατέρας του είναι εν ενεργεία αναπληρωτής υπουργός Παιδείας, ο αναπληρωτής υπουργός χαρακτήρισε τις πληροφορίες αήθεις, σημείωσε ότι το ΕΛΙΔΕΚ είναι τελείως ανεξάρτητο Ιδρυμα και πρόσθεσε ότι η αντιπολιτευτική ένδεια, οδηγεί στην έγερση θεμάτων ηθικής τάξης, εκεί όπου δεν υπάρχουν.
«Σε σημερινό δημοσίευμα της εφημερίδας «ΤΑ ΝΕΑ» γίνεται αναφορά σε μέλος της οικογένειάς μου που διεκδίκησε με επιτυχία το 2017 υποτροφία υποψήφιου διδάκτορα από το Ελληνικό Ίδρυμα Έρευνας και Καινοτομίας (ΕΛΙΔΕΚ), στο πλαίσιο ανοικτής διαγωνιστικής διαδικασίας. Η χρονική στιγμή που επιλέγεται να κυκλοφορήσει αυτό το δημοσίευμα, «σύμφωνα με πληροφορίες» όπως αναφέρεται, δεν είναι τυχαία γιατί τα αποτελέσματα έχουν δημοσίως ανακοινωθεί εδώ και δύο χρόνια. Κατά συνέπεια οι «πληροφορίες» είναι αήθεις και αποσκοπούν στο να πλήξουν τη θεσμική μου ιδιότητα και το έργο που επιτελείται στο Υπουργείο, ενώ παράλληλα σπιλώνουν την προσωπικότητα ενός νέου και πλήρως ανεξάρτητου ατόμου.
Το πιο σημαντικό όμως είναι ότι θίγουν το ίδιο το ΕΛΙΔΕΚ, ένα Ίδρυμα-θεσμό που στηρίζει την Έρευνα και τους νέους επιστήμονες στη χώρα. Ένα Ίδρυμα που έχει γίνει αποδεκτό από ολόκληρη την επιστημονική κοινότητα για το σημαντικό έργο που επιτελεί.