Η εκλογή του μεταξύ των 300 της ελληνικής Βουλής και η μετέπειτα ανάληψη του υπουργικού χαρτοφυλακίου, οδήγησαν τον πανεπιστημιακό σε αναστολή καθηκόντων. Αυτήν την στιγμή σε αναστολή καθηκόντων βρίσκονται επίσης ο ΝΥΝ υπουργός Οικονομικών Ευκλείδης Τσακαλώτος, ο οποίος διδάσκει στο ίδιο τμήμα από το 2010 ( πριν ήταν στο ΟΠΑ ), και ο διοικητής της Τράπεζας της Ελλάδος Γιάννης Στουρνάρας.
Ο κ. Βαρουφάκης ζητάει να επιστρέψει στη διαδασκαλία ως μερικής απασχόλησης αλλά μόνο στο μεταπτυχιακό Πρόγραμμα, δηλαδή θα έχει την τυπική υποχρέωση για τρεις διδακτικές ώρες την εβδομάδα χωρίς την υποχρέωση για διοικητικό έργο. Επίσης, σε καθεστώς μερικής απασχόλησης βρίσκεται η πρόεδρος της Εθνικής Τράπεζας Λούκα Κατσέλη και ο Νίκος Θεοχαράκης, πρώην ( επί Υπουργίας Βσρουφάκη ) γενικός γραμματέας του υπουργείου Οικονομικών και νυν πρόεδρος του Μεγάρου Μουσικής Αθηνών.