Μια σειρά από επεισόδια έχουν τροφοδοτήσει ένταση στις σχέσεις τους, με ορατό τον κίνδυνο πρόκλησης ρήγματος. Κάποια εξ αυτών, μάλιστα, θεωρήθηκαν πρωτοφανή στα εκκλησιαστικά πράγματα. Οπως, για παράδειγμα, ότι πρώτη φορά στην ιστορία του «θρόνου» Αρχιεπίσκοπος Αθηνών πήγε στα δικαστήρια (υπόθεση Προμπονά) το Φανάρι. Ούτε έχει ξανασυμβεί, τουλάχιστον στα νεότερα χρόνια, το Πατριαρχείο να χαρακτηρίσει «ανεπιθύμητο» διορισμένο από την κυβέρνηση πολιτικό διοικητή του Αγίου Ορους, όπως έγινε με τον σημερινό στενό συνεργάτη του Αρχιεπισκόπου Αθηνών.
Οι αποδιδόμενες στην ηγεσία της Εκκλησίας της Ελλάδος διαρροές περί δήθεν προθέσεων του Οικουμενικού Πατριαρχείου να «πάρει πίσω» τις μητροπόλεις των αποκαλούμενων Νέων Χωρών (σ.σ.: εκείνων στην Ηπειρο και τη Μακεδονία- Θράκη, που παραχωρήθηκαν από το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως μετά τους βαλκανικούς πολέμους) έχουν ενοχλήσει βαθύτατα το Φανάρι. Βεβαίως, κατά καιρούς υπήρξαν δυσλειτουργίες στις σχέσεις Πατριαρχείου και Εκκλησίας της Ελλάδος, τελευταία όμως αυτές κινδυνεύουν να εκτροχιαστούν. Το Οικουμενικό Πατριαρχείο βάλλεται σε όλα τα μέτωπα με αφορμή (και) το ουκρανικό ζήτημα από τη Ρωσία, στο πλαίσιο της πολιτικής υπονόμευσης και αποδυνάμωσής του ώστε να μεταφερθούν τα πρωτεία στη Μόσχα. Το να «συνεισφέρει» ποικιλοτρόπως τα αντιπατριαρχικά αισθήματα και η Εκκλησία της Ελλάδος, μόνο ζημία (τού ) κάνει.