Ακολούθησαν ως κεντρική καθοδήγηση του κόμματος αλλά και της κυβέρνησης ΣΥΡΙΖΑ ακριβώς τον αντίθετο δρόμο από τις ιδέες και τα ιδανικά που πρέσβευε. Τις δημόσιες θέσεις και τα κείμενα του. Την πολιτική, ιστορική του μνήμη που παραμένει ισχυρή σε μεγάλο αριθμό Ελλήνων πολιτών από τους χώρους της Αριστεράς, του Κέντρου αλλά και της κεντροδεξιάς..Πέρασαν 11 χρόνια από τον θάνατο του Μιχάλη Παπαγιαννάκη, οικονομολόγου, καθηγητή Πανεπιστημίου, πολιτικού της Αριστεράς και βουλευτή. Το κενό της απουσίας του μεγάλο στον χώρο της Αριστεράς, όπου ποτέ δεν τον στήριξαν οι φανατικοί, οι άνθρωποι των μηχανισμών και οπισθοδρομικοί δογματικοί.
Ως το 1963 ήταν μέλος της ΕΔΑ. Κατά τη στρατιωτική χούντα (1967-1973) εντάχθηκε στη Δημοκρατική 'Aμυνα. Υπήρξε ιδρυτικό μέλος της ΕΑΡ και μέλος της Κεντρικής Επιτροπής και της Εθνικής Γραμματείας της. Όταν το κόμμα του εντάχθηκε στο Συνασπισμό, ο Μιχάλης Παπαγιαννάκης έγινε μέλος της Κεντρικής Πολιτικής Επιτροπής και εν συνεχεία της Πολιτικής Γραμματείας του, υπεύθυνος του Τμήματος Οικολογία και Ποιότητα της Ζωής. Το 1993 ήταν υποψήφιος για την προεδρία του κόμματος, όμως ηττήθηκε στην πρώτη ψηφοφορία και στήριξε το Νίκο Κωνσταντόπουλο που τελικά εξελέγη.
Ο Παπαγιαννάκης είχε εκλεγεί ευρωβουλευτής με το ΣΥΝ στις ευρωεκλογές του 1989, του 1994 και του 1999. Το 2004 δεν είχε διεκδικήσει επανεκλογή στο ευρωκοινοβούλιο, επιθυμώντας να δραστηριοποιηθεί στο εσωτερικό πολιτικό σκηνικό. Στο 4ο Συνέδριο του Συνασπισμού (Δεκέμβριος 2004) ήταν ξανά υποψήφιος πρόεδρος του κόμματος, αλλά ηττήθηκε από τον Αλέκο Αλαβάνο. Στις εθνικές εκλογές του 2007 εκλέχθηκε βουλευτής στη Β' Αθηνών, τρίτος σε σταυρούς μέσα στο κόμμα του.
Ανήκε στην τάση Ανανεωτική Πτέρυγα του Συνασπισμού.
Πέθανε στις 26 Μαΐου του 2009 σε ηλικία 68 ετών, μετά από πολυετή μάχη με τον καρκίνο.
Η εφημερίδα Αυγή έκανε αφιέρωμα στον Μιχάλη Παπαγιαννάκη, γεγονός που προκάλεσε την αντίδραση της καθηγήτριας Βάσω Κιντή, η οποία γράφει σε ανάρτησή της:
Αυτό είναι το εξώφυλλο της Αυγής που προβάλλει το αφιέρωμα:
