Όπως είναι γνωστό ο πατέρας Αντώνιος δικάζεται μαζί με άλλους επτά πρώην εργαζομένους της «Κιβωτού του κόσμου», μετά από καταγγελίες για σωματικές τιμωρίες και απειλές σε βάρος παιδιών που φιλοξενούνταν στις δομές .Ο κατηγορούμενος απευθυνόμενος στους δικαστές οι οποίοι σε λίγο καιρό θα εκδώσουν την ετυμηγορία τους υποστήριξε πως κάποιοι θέλησαν να καταστρέψουν το έργο του και αρνήθηκε τις κατηγορίες.
«Πιστεύω ότι τα παιδιά καθοδηγήθηκαν από κάποιους για να κάνουν αυτές τις καταγγελίες. Εγώ τους συγχωρώ γιατί τα έχω μεγαλώσει, έχω κουραστεί, έχω κοπιάσει, έχω δώσει το είναι μου κι εγώ και η πρεσβυτέρα και οι άλλοι άνθρωποι της «Κιβωτού». Σώσαμε επανειλημμένως τα παιδιά από φυλακές, βοηθήσαμε να σταθούν αυτά τα παιδιά και χρησιμοποιήθηκαν εναντίον μας για να μας καταστρέψουν, ενώ εμείς λειτουργούσαμε ως κυματοθραύστης», τόνισε στην απολογία του.
Στη διάρκεια της απολογίας του αντικρούοντας τις κατηγορίες υποστήριξε πως: «Οι καταγγελίες για εξαντλητικές εργασίες είναι στη σφαίρα της φαντασίας. Το ίδιο και οι καταγγελίες για τους ξυλοδαρμούς. Εγώ θα μπορούσα να δώσω τέτοιες εντολές, είχα εγώ πειθήνια όργανα; Όλα αυτά έρχονται κόντρα στις αξίες μου και ως ιερέα και ως άνθρωπο, έρχονται κόντρα και στις αξίες της Κιβωτού».
Στα πρώτα λεπτά της απολογίας του περίγραψε με λεπτομέρειες πως δημιούργησε την «Κιβωτό του Κόσμου». Όπως είπε, το 1998 τοποθετήθηκε στην ενορία Αγ.Γεωργίου στην Ακαδημία Πλάτωνος κι εκεί άρχισε να παρατηρεί τα παιδιά της περιοχής.
«Υπήρχαν πάρα πολλά παραβατικά, παιδιά που δεν πήγαιναν σχολείο. Ήθελα να κάνω κάτι. Αποφάσισα να δημιουργήσω αθλητικά τμήματα μπάσκετ και ποδοσφαίρου, για να τα εντάξουμε σε ένα χώρο όπως η ενορία. Η πλατεία ήταν το στέκι τους. Αργά τη νύχτα τα έβλεπα να περιφέρονται και κατάλαβα ότι ήταν παιδιά παραμελημένα.
Ακόμα και κλοπιμαία μοιράζονταν. Κάτι πρέπει να γίνει, έλεγα. Κατάλαβα ότι πολλά δεν πήγαιναν σχολείο. Γι ´αυτό ονόμασα την οργάνωση Κιβωτό, να βρίσκουν εκεί καταφύγιο. Δεν είχαν το μεσημέρι πού να φάνε ή πού να βρουν ένα χώρο να διαβάζουν. Καταφέραμε να τα γράψουμε στο σχολείο και να έρχονται το μεσημέρι, να τρώνε και να διαβάζουν».
Όπως τόνισε ο πατήρ Αντώνιος, σκοπός του ήταν η «θεραπεία του τραύματος» και εξήγησε πως τα παιδιά αυτά ήταν πολύ τραυματισμένα. «Ήθελα να τους μάθω να συγχωρέσουν κυρίως τους γονείς τους, πολλά ένιωθαν μίσος.σε αυτό στοχεύαμε. Ο ρόλος μου ήταν κυρίως πνευματικός. Ήθελα να αποκτήσουν δεξιότητες», σημείωσε ο κατηγορούμενος ιερέας.