Τα αθλητικά σχολεία καταργήθηκαν το 2011, ύστερα από σχεδόν 30 έτη λειτουργίας και οι πάνω από 12.000 μαθητές τους απορροφήθηκαν σε άλλα σχολεία. Με την απόφαση του υπουργείου Παιδείας επιδιώκεται η προετοιμασία και η κατάλληλη κατάρτιση των μαθητών, που επιθυμούν να ακολουθήσουν επαγγελματικά τον αθλητισμό δίχως να υστερούν σε γενική παιδεία. Επίσης, στόχος είναι η ανάπτυξη των ιδιαίτερων κλίσεων των μαθητών, όπως και η ουσιαστική στήριξη των μαθητών με αναπηρία, που διαθέτουν ιδιαίτερες αθλητικές δυνατότητες. Παράλληλα, τα αθλητικά σχολεία θα οργανώνουν μαθήματα αθλητικής παιδείας προς ανίχνευση των κλίσεων των μαθητών της περιοχής στον αθλητισμό.
Σύμφωνα με τον σχεδιασμό του υπουργείου Παιδείας, τα αθλητικά σχολεία θα ιδρυθούν στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση, δηλαδή ως Γυμνάσια, στα οποία θα προσαρτώνται οι Λυκειακές Τάξεις. Τα δύο πρώτα θα δημιουργηθούν στην Νέα Ιωνία, κοντά στο ΟΑΚΑ, και τη Θεσσαλονίκη, κοντά στο Καυτατζόγλειο Στάδιο, προκειμένου να αξιοποιούνται οι υφιστάμενες αθλητικές υποδομές, και θα λειτουργήσουν πιλοτικά για την εφαρμογή πειραματικών προγραμμάτων και μεθόδων διδασκαλίας στον τομέα της αθλητικής παιδείας.
Στα σχολεία θα λειτουργούν οι κατευθύνσεις του κλασικού αθλητισμού (στίβος), της γυμναστικής, του υγρού στίβου, του ποδοσφαίρου, του βόλεϊ, του χάντμπολ και του μπάσκετ.
Το δίκτυο των αθλητικών σχολείων θα έχει δυνατότητα επέκτασης και στις 13 Περιφέρειες της χώρας.
Στην Α' Γυμνασίου θα εγγράφονται απόφοιτοι Δημοτικού, κατόπιν εξετάσεων ή τεστ δεξιοτήτων ανά άθλημα και κατεύθυνση. Με ανάλογο τρόπο θα καλύπτονται και οι κενές θέσεις που θα προκύπτουν στις μεγαλύτερες τάξεις. Κατ' εξαίρεση θα μπορούν να εγγράφονται μαθητές με εξαιρετικές διακρίσεις σε ατομικό ή ομαδικό άθλημα.
Το πρόγραμμα των σχολείων θα περιλαμβάνει μαθήματα γενικής παιδείας και αθλητικής παιδείας, συλλογικά ή εξατομικευμένα. Δηλαδή θα οργανώνεται εξειδικευμένο πρόγραμμα σπουδών με μαθήματα γενικής παιδείας και αθλητικής παιδείας τα οποία άπτονται της ειδικής προπονησιολογίας (θεωρητικής και πρακτικής).
Το προπονητικό πρόγραμμα κάθε μαθητή-αθλητή θα διαμορφώνεται σε συνεργασία με τις αντίστοιχες ομοσπονδίες. Στις περιόδους απουσίας των μαθητών (π.χ. λόγω συμμετοχής σε αγώνες προετοιμασίας ή σε κλιμάκια προετοιμασίας για την επιλογή τους σε ελληνικές εθνικές ομάδες ή συμμετοχής τους σε επίσημους αγώνες), θα υπάρχει η δυνατότητα παρακολούθησης και αναπλήρωσης των χαμένων διδακτικών ωρών καθώς και η ενισχυτική διδασκαλία, μέσω εξ αποστάσεως εκπαίδευσης. Παράλληλα, οι μαθητές θα υποστηρίζονται από ειδικούς επιστήμονες π.χ. αθλητικούς, ψυχολόγους, εργοφυσιολόγους, εργοθεραπευτές,
διατροφολόγους κ.ά.
Το διδακτικό προσωπικό θα περιλαμβάνει εκπαιδευτικούς γενικών μαθημάτων και καθηγητές φυσικής αγωγής απόλυτα εξειδικευμένους σε συγκεκριμένα προγράμματα άθλησης. Οι εκπαιδευτικοί θα επιλέγονται για τετραετή θητεία. Ειδικά για τους γυμναστές, κριτήρια επιλογής θα αποτελούν μεταξύ άλλων η προπονητική εμπειρία και οι σχετικές διακρίσεις, η διδακτική εμπειρία, η επιστημονική- παιδαγωγική συγκρότηση και κατάρτιση, η αξιολόγηση του εκπαιδευτικού τους έργου ως «πολύ καλό».
Ως αθλητικά σχολεία θα χαρακτηρίζονται υφιστάμενες σχολικές μονάδες, ύστερα από αίτησή τους. Κριτήρια αξιολόγησης των γυμνασίων που θα μετατραπούν θα αποτελούν, μεταξύ άλλων, η επάρκεια του εκπαιδευτικού προσωπικού στα συγκεκριμένα προγράμματα άθλησης, η συμμετοχή σε αθλητικά προγράμματα, καινοτόμες αθλητικές δράσεις και αγώνες, το μέγεθος της σχολικής μονάδας καθώς και η ύπαρξη αθλητικών εγκαταστάσεων ικανών να εξυπηρετήσουν τον σκοπό του αθλητικού σχολείου και η τοποθεσία τους (κοντά σε αθλητικές εγκαταστάσεις).